Data fra hele genomets sekventering af kræftpatienter er blevet brugt til at udvikle individualiserede blodprøver, som sandsynligvis vil hjælpe lægerne til at skræddersy patienters behandlinger, siger forskere på Johns Hopkins Kimmel Cancer Center. Disse nye genombaserede blodprøver kan anvendes til at overvåge tumorniveauer efter behandling og bestemme om kræften kommer tilbage (tilbagefald).

Victor Velculescu, MD, Ph.D., lektor i onkologi og meddirektør for kræftbiologiprogrammet hos Johns Hopkins, sagde: "Vi mener, at dette er den første anvendelse af nyere generationer af genomsekvenser, der kan være klinisk nyttige til Kræftpatienter. Ved hjælp af denne tilgang kan vi udvikle biomarkører til potentielt enhver kræftpatienter."

Ifølge en artikel offentliggjort i Science Translational Medicine , Den 24. februar udgav forskerne forskernes genomer for ændringer, som de siger, at de fleste forskere ikke har søgt omlægninger af store klumper af DNA snarere end ændringer i et enkelt DNA-brev blandt milliarder af andre. De kalder deres nye tilgang Personlig analyse af omarrangerede slutter (PARE).

Bert Vogelstein, MD, Clayton Professor of Oncology, meddirektør for Ludwig-instituttet hos Johns Hopkins og Investigator i Howard Hughes Medical Institute, sagde: "I sekventering af individers genomer i fortiden fokuserede vi på enkeltbrevsændringer, men I denne undersøgelse så vi efter bytte af hele sektioner af tumorgenomet. Disse ændringer, som omformuleringen af ​​kapitler i en bog, er lettere at identificere og opdage i blodet end enkeltbogsændringer."

Disse typer af DNA-omlejringer er kendt for kun at forekomme i kræftceller og ikke i ikke-kræftformer, hvilket gør dem perfekte biomarkører til kræft.

Ved anvendelse af seks sæt kræft- og normale vævsprøver taget fra fire kolorektale og to brystkræftpatienter anvendte holdet næste generations sekventeringsmetoder til at katalogisere genomsekvensdataene for hver enkelt patient. For at finde DNA-omlejringer identificerede teamet først områder hvor antallet af DNA-kopier var mere eller mindre end forventet, og hvor sektioner af forskellige kromosomer fusionerede sammen. Disse regioner blev yderligere analyseret for at identificere DNA-sekvenser, der viste ukorrekt bestilling, orientering eller afstand. En række af fire til 15 omlejringer blev fundet i hver af de seks prøver.

De identificerede først DNA-omlejringer i patientens tumorprøve og så efter samme ændringer i DNA-skur fra tumorer i patientens blod. De amplificerede DNA fundet i blodprøverne af to kolorektalcancerpatienter og fastslog, at disse tests var følsomme nok til at detektere omlejret tumor-DNA i disse prøver.

Forskerne siger, at resultaterne fra sådanne blodprøver kan hjælpe lægerne med at opdage kræft eller dets gentagelser og informere dem om, hvordan en patient reagerer på kræftbehandling. I et koloncancer patientens eksempel fandt forskerne en sektion af kromosom fire fusioneret til en sektion af kromosom otte.

Rebecca Leary, en kandidatstuderende på Johns Hopkins Kimmel Cancer Center, sagde: "Vi udviklede en biomarkør, der kunne spænde denne omlægning og brugte en blodprøve til at evaluere biomarkerniveauer, da patienten modtog en lang række kræftterapier."

Efter indledende operation faldt biomarkørniveauet hos patienter, fordi størstedelen af ​​tumoren blev fjernet. Biomarkørniveauerne steg igen, hvilket tyder på, at yderligere kræft forblev i patientens krop. Efter kemoterapi og en anden operation faldt biomarkørens niveauer betydeligt, men viste stadig et lille, men måleligt niveau af biomarkøren. Dette var i overensstemmelse med en lille metastatisk læsion, som forblev i patientens lever.

Undersøgerne forudser, at PARE-baserede biomarkører også kunne bruges til at bestemme om cancerceller er til stede i kirurgiske margener eller lymfeknudevæv fjernet under operationen og muligvis til diagnosticering af tidlig sygdom.

Luis Diaz, professor i onkologi hos Johns Hopkins, sagde "Til sidst mener vi, at denne type tilgang kunne bruges til at opdage tilbagevendende kræft, før de findes ved konventionelle billeddannelsesmetoder, som CT-scanninger."

Velculescu forudsiger, at teknologien, der bruges til at undersøge patienternes genomer, bliver billig. Han siger, at genomsøgningen koster dem omkring $ 5.000 pr. Patient, men at sekventeringsomkostningerne fortsætter med at falde. CT-scanninger koster i dag $ 1.500 pr. Scan og er begrænset i deres evne til at detektere mikroskopiske kræftformer.

Kenneth W. Kinzler, ph.d., professor i onkologi og meddirektør for Ludwig Center på Johns Hopkins, sagde "Hvis de nuværende tendenser inden for genom-sekventering fortsætter, vil PARE være mere omkostningseffektiv end CT-scanninger og kunne vise sig at være mere informativ."

Johns Hopkins-teamet, som har indgivet patent på teknologien, siger, at de planlægger at teste flere patientprøver og forfine deres teknikker, så der kan opnås en kommercielt levedygtig genom-baseret blodprøve.

Under en licensaftale mellem Johns Hopkins University og Genzyme, Velculescu, Vogelstein og Kinzler, har ret til en andel af royalties modtaget af universitetet på salg af produkter relateret til forskning beskrevet i dette papir. Vilkårene for disse arrangementer forvaltes af Johns Hopkins University i overensstemmelse med sine interessekonflikter.

National Institute of Health, Lustgarten Foundation, National Colorectal Cancer Research Alliance og en UNCF-Merck Fellowship finansierede forskningen.

Andre deltagere i forskningen er Isaac Kinde, Frank Diehl og Kerstin Schmidt fra Johns Hopkins; Chris Clouser, Cisilya Duncan, Alena Antipova, Clarence Lee, Kevin McKernan og Francisco De La Vega fra Life Technologies.

Kilde: Johns Hopkins Medicine

The Great Gildersleeve: Engaged to Two Women / The Helicopter Ride / Leroy Sells Papers (Video Medicinsk Og Professionel 2023).